有一些地方政府直接代替其职能部门做出行政行为，这种做法算不算越权?对此有不同观点，各地法院对此也有截然不同的判决，有的法院认为，该部门隶属于本级政府，政府有权责成该部门做出某项行政行为，自然也可以直接做出。对此，笔者认为不妥，特做法律分析如下。

我们国家的中央、地方政府组织法中对各级政府及其部门的职能都做了明确规定，政府处于领导地位，部门负责某些具体职能。就政府与其职能部门的关系来讲，主要是领导关系，职能部门隶属于本级政府，政府可以命令其职能部门，具体表现为政府可以命令、责成、批准其职能部门做出某种行政行为，但这并代表政府可以代替其职能部门做出某种行政行为。有的法律规定了对于重大复杂的案件，上级部门可以查处，在诉讼中上级法院也可以提审此类案件，政府系统内上下级之间可以替代行使职权的也就仅有上述规定。但这也是有条件的，就是重大复杂的案件，实质上也是明确分工的，也不是指上级部门能没有法律规定的情况下随意能代替下级部门行政职权。

行政机关做出行政行为一个重要原则是合法原则，合法原则就要求法无明文规定不可为。如果说法律允许政府可以代替其部门做出行政行为，就应当有明确的法律规定，但是我们国家并没有这样的法律规定。如果政府认为某些行政行为很重要，或是某些工作比较复杂、涉及面广，可以通过加强领导和协调，如设置领导小组、提供人力物力支持等方式来完成，而不必去替代完成。
政府代替其职能部门行使职权，必然造成大量的职责不清、主体混乱的局面；并且，代替部门做具体工作，政府的领导和机关的工作人员也都会疲于奔命、难以应付。

综上，我们认为，政府代替其职能部门做出行政行为不具有合法性，实践中也会带来不良后果，应予制止、确定其违法。