专利合同纠纷是指当事人就专利权或者专利申请权的转让、专利实施许可、专利代理等事项所订立的合同而发生的纠纷。
根据专利合同的内容，专利合同可以分为如下几种：
一、专利申请权转让合同
        专利申请权转让合同是指当事人就专利申请权的转让所订立的合同。
二、专利权转让合同 
        专利权转让合同是指当事人就专利权的转让所订立的合同。
三、发明专利实施许可合同 
        发明专利实施许可合同是指当事人就发明专利权的实施许可所订立合同。
四、实用新型专利实施许可合同 
        实用新型专利实施许可合同是指当事人就实用新型专利权的实施许可所订立的合同。
五、外观设计专利实施许可合同 
        外观设计专利实施许可合同是指当事人就外观设计专利的实施许可所订立对合同。
六、专利代理合同 
        专利代理合同是指专利代理机构作为受托人与委托人就办理专利申请或者办理其他专利事务所订立的合同。 
        根据《最高人民法院关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》第2条的规定，专利权转让合同纠纷、专利申请权转让合同纠纷由各省、自治区、直辖市人民政府所在地的中级人民法院和最高人民法院指定的中级人民法院管辖。根据《最高人民法院关于审理技术合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第43条第1、2款的规定，专利实施许可合同纠纷案件一般应由各地中级以上人民法院管辖，各高级人民法院根据本辖区的实际情况并报经最高人民法院批准，可以指定若干基层人民法院管辖第一审技术合同纠纷案件。司法解释并未对专利代理合同纠纷案件的管辖作出明确规定，由于其专业技术性并不特殊，在本质上属于服务合同，故应该按照一般合同管辖确定管辖法院，即由被告住所地或者合同履行地法院管辖。 
        根据《最高人民法院关于北京、上海、广州知识产权法院案件管辖的规定》第1条的规定，有关专利权合同纠纷一审案件，在北京、上海、广州辖区，全部由相应的北京、上海、广州知识产权法院受理。第7条规定，当事人对知识产权法院作出的专利权合同纠纷案件第一审判决、裁定提起的上诉案件和依法申请上一级法院复议的案件，由知识产权法院所在地的高级人民法院知识产权庭审理。 
        根据《最高人民法院关于知识产权法庭若干问题的规定》，不服高级人民法院、知识产权法院、中级人民法院作出的发明专利、实用新型专利第一审民事案件判决、裁定而提起上诉的案件，由最高人民法院知识产权庭审理。 
        司法实践中的专利合同纠纷，指的是就已经成果化和特定化的专利权、专利申请权所订立的合同发生的纠纷，包括与专利权、专利申请权有关的专利代理合同纠纷。 
        专利申请权合同纠纷是指当事人已经向国家知识产权局提出专利申请的技术成果所订立的涉及该成果的专利申请权转让的合同纠纷，对于尚未成为专利申请的技术成果订立的有关权益整体转让的合同，应当作为技术秘密转让合同纠纷处理。在尚未提出专利申请之前，按技术秘密转让处理；在提出专利申请之后授予专利之前，按照专利申请转让对待；在获得专利之后，作为专利转让。 
        专利合同纠纷涉及主要法律法规有：《民法总则》、《专利法》、《合同法》、《专利法实施细则》、《专利代理条例》、《最高人民法院关于审理技术合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》等法律法规。