(一)拆迁补偿安置纠纷案件的主管之困。现行法律没有规定拆迁行政裁决是行政诉讼的必经程序。于是，一些地方出现了行政裁决机关和法院(民庭)同时受理同一拆迁地块的拆迁补偿安置纠纷、甚至同一宗纠纷的情况。例如，拆迁人出于法律制度、诉讼成本等考虑，把与承租人之间的拆迁安置纠纷诉至法院，而把与被拆迁人之间的补偿安置纠纷提请裁决。这使行政裁决机关面临着怎样与法院进行权限厘定与分工协调的问题。究竟依什么途径救济、依什么标准补偿，给被拆迁人带来了迷惑，也成为拆迁管理的一个新问题。
　　(二)行政裁决管辖之困。《城市房屋拆迁管理条例》第十六条第一款规定：“拆迁人与被拆迁人或者拆迁人、被拆迁人与房屋承租人达不成拆迁补偿安置协议的，经当事人申请，由房屋拆迁管理部门裁决。房屋拆迁管理部门是被拆迁人的，由同级人民政府裁决。” 实践中，由于主客观各种因素的影响，比如行政职能的历史沿革、行政机关的偏好、执法人员的素质等，致使各地在行政裁决案件的管辖上分工不清。更为严重的是，许多情况下行政裁决机关与拆迁人身份混同。