从概念而言，二者之间有一定相似性，但又有明显区别。强制猥亵、侮辱罪是指以暴力、胁迫或者其他方法猥亵他人或者侮辱妇女而构成的犯罪。强奸罪是指行为人违背被害人的意愿，采用暴力、威胁、伤害或其他手段，强迫被害人进行性行为而构成的犯罪。两者的相似性为均采取了暴力、胁迫、威胁或其他与暴力等危险程度相当的手段，对被害人实施侵犯性自主权的犯罪行为。但两者的区别是显而易见的；

首先、两项罪名之间，行为人的犯罪主观意图不同；一般来讲，一种行为被认定为构成犯罪，要坚持主客观相统一原则，即犯罪意图和社会危害性：主观上行为人有实施该行为的意愿，客观上该行为产生了社会危害后果或面临引发社会危害后果的现实危险。强制猥亵往往是侵害人强行触碰被害人隐私敏感性部位，从而达到满足其病态的心理需求的目的。而强奸所表现出的主观意图更加明显，就是要与被害人发生性器官上的接触，并完成性交行为。也就是说，两种罪名所上持有的主观意愿是有所不同的。当然，到底是何种主观意愿不是单单靠犯罪嫌人事后的供述，还要看事发过程中侵害人的种种行为迹象，看其到底是要发生性关系，还是仅仅限于亲吻、抚摸、拥抱等此类程度的行为。
其次、侵害对象的范围有所不同。刑法修改后，强制猥亵、侮辱罪侵害的对象不仅包括妇女、儿童，也包括了男性，故我国刑法第二百三十七条规定：“以暴力、胁迫或者其他方法强制猥亵他人或者侮辱妇女的，处五年以下有期徒刑或者拘役。”强奸罪侵害的对象仅限于妇女或者幼女，不包括男性成年人或男童。

再次、两种罪名所实施的犯罪行为不同。强制猥亵、侮辱罪中，行为人强行接触被害人隐私敏感部位，经被害人反抗而终止，或者虽然未终止，但仍仅限于继续实施亲吻、抚摸、拥抱等类似行为，并未进一步发展到性器官接触的程度。强奸罪中，行为人最明显的意图是欲强行欲被害人发生性关系，即使行为人在侵害初期有抚摸、亲吻等猥亵行为，但只要后期撕扯被害人衣物、脱裤等欲发生性行为的迹象，一般认定为强奸。即使未实际进入被害人身体或者未达到性高潮，因被害人反抗而未能得逞，亦构成强奸罪（未遂）。

在现实案例中，强制猥亵行为与强奸行为往往交织在一起、错中复杂，加之被害人与侵害人陈述的事发经过存在较大分歧，导致这两种罪名很难界定。然即使有难度，但通过事发过程中双方所表现出来的行为特征，亦可对侵害人的主观意愿加以推理判断。比如，趁被害人醉酒状态下，侵害人提前准备好避孕套进入被害人房间；视频中侵害人将被害人拖入阴暗处按压地上撕扯衣物、脱裤子等行为，都可认定为涉嫌构成强奸罪，而不是单纯的猥亵。当然，具体案件具体分析，构成强奸罪（即遂）的关键依赖于实施奸淫后遗留下来的证据，比如撕扯破损的衣物、反抗时的抓痕、沾有精液的内衣等。