1、基础法律关系的举证责任及例外
第十四条第一款明确规定“被告依据基础法律关系提出抗辩或者反诉，并提供证据证明债权纠纷非民间借贷行为引起的”，因此并非被告提出抗辩或反诉，法院即对基础法律关系审查，因为被告依据基础法律关系的抗辩或反诉是基于基础法律关系事实存在的前提进行的，按照民事诉讼法“谁主张谁举证”的一般性举证责任分配规则，应当由被告对基础法律关系的存在进行举证（原告自身举证不充分的除外）。从另一个角度来讲，如果被告不提供相应的证据，原告一般亦不会举示相应的证据，所以法院亦无从审查其抗辩的基础法律关系是否存在。但是第二款规定“当事人通过调解、和解或者清算达成的债权债务协议，不适用前款规定”对此作了例外规定，即原告依据的并非借条等债权凭证，而是债权债务协议的情形下，即使被告提出了基础法律关系的抗辩，法院亦可不按照基础法律关系进行审理。
    2、债权凭证与债权债务协议的区别 
通过以上分析可知，法院在审查民间借贷案件时，就被告主张的基础法律关系抗辩或反诉，根据原告提出的证据材料不同而采取不同的审查方式。那么“借据、收据、欠条等债权凭证”与“债权债务协议”究竟有何区别？换言之，如何判断一份证据材料属于“债权凭证”还是“债权债务协议”。
首先，从文义上看，债权凭证记录的是债权的内容，且其债权一般限定为民间借贷的单纯金钱之债，其表现形式多为“借条”“欠条”“收据”等，而债权债务协议的内容不仅含有债权的内容，亦明确含有债务的内容（即使是已经履行完毕或终止的债务）。其次，从形成过程看，债权凭证基本是对债权的确认，而债权债务协议是双方对原来的基础法律关系经过调解、和解或清算等达成的。二者引起的法律效果不同究其原因，债权凭证外表上直接表现为民间借贷的法律关系，是否存在基础法律关系、基础法律关系为何、被告是否认可均存在较大的不确定性，而债权债务协议对相关事实经过已经进行了描述确认，双方亦通过书面的形式予以确认，如无明确证据证明存在欺诈、胁迫等情形，法院应当尊重当事人的意思自治。但是，值得注意的是，即使形式为“借条”，双方在庭审中均认可系其他基础法律关系转化而来，亦可被认定为债权债务协议，如在（2020）桂民申5506号一案中广西壮族自治区高级人民法院认为“莫亮明于一审答辩状中承认蓝彩端据以起诉的2016年10月23日借条的借款系由莫亮明所欠覃忠明煤款转变而来……莫亮明主张本案没有双方签字认可的清算单，与其于2016年10月23日出具的借条不符，对其反言本院不予支持。”
    3、司法实践中基础法律关系的证明标准
《民诉法解释》（2022年修正）第一百零八条对民事诉讼中本证、反证的证明标准有明确规定，即“对负有举证证明责任的当事人提供的证据，人民法院经审查并结合相关事实，确信待证事实的存在具有高度可能性的，应当认定该事实存在。 对一方当事人为反驳负有举证证明责任的当事人所主张事实而提供的证据，人民法院经审查并结合相关事实，认为待证事实真伪不明的，应当认定该事实不存在。”而在民间借贷诉讼案件中，提起民间借贷诉讼的原告要举证的属于本证，而主张其他基础法律关系的被告要举证的属于反证。因此被告提出其他基础法律关系的相关证据，只要能达到动摇法官对于本证所形成的内心确信，即完成了自己的证明责任。对于二者存在区别，在（2020）闽09民再41号一案中，二审法院福建省宁德市中级人民法院亦有明确阐述，即“对此需要厘清的是，二人对陈月琴主张借贷款项交付事实不能认定的证伪之否定证明标准与梅传西、吴石全主张陈某与吴石全存在买卖关系的证真之肯定证明标准存在差别”。