工程合同纠纷最典型的就是建设工程合同履行纠纷的处理，具体处理如下：
(一)建设工程合同履行纠纷的种类
(1)因承包商过程导致质量不符合约定的纠纷;
(2)因发包人过错导致质量不符合约定的纠纷;
(3)发包人擅自使用后出现质量问题的纠纷;
(4)对竣工日期的争议纠纷;
(5)对计价方法的争议纠纷;
(6)对工程量的争议纠纷。
(二)建设工程合同履行纠纷的处理方式
1.建设工程价款优先受偿权在工程建设中，建设单位为了筹措资金，经常会向银行贷款。作为条件，银行会要求建设单位提供相应的担保。根据《中华人民共和国担保法》规定，“债务履行期届满抵押权人未受清偿的，可以与抵押人协议以抵押物折价或者以拍卖、变卖该抵押物所得的价值受偿;协议不成的，抵押人可以向人民法院提起诉讼。抵押物折价或者拍卖、变卖后，其价款超过债权数额的部分归抵押人所有，不足部分由债务人清偿。
2.抗辩权的应用(1)同时履行抗辩权。同时履行指在合同有效期限内，当事人双方不分先后地履行各自的义务的行为。(2)先履行抗辩权。指当事人互负债务，有先后履行顺序。先履行一方未履行或者履行债务不符合约定的，后履行一方有权拒绝先履行一方的履行要求。(3)不安抗辩权。指先履行合同的当事人一方因后履行合同一方当事人欠缺履行债务能力或信用，而拒绝履行合同的权利。总之，在建设工程合同中，由于对质量、工期、报酬等关键性的条款的约定存在暇疵或盲点，导致合同履行无法进行，就此而产生的纠纷，既可以遵循合同法或者建设工程合同管理条例的相关规定处理，又可适用司法解释，同时法律为纠纷的处理赋予当事人在履行合同过程中享有的抗辩权，以确保建设工程合同的履行，从而促进我国市场经济的完善和不断发展。
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