1.签订时间不同。三方协议是学生在校期间以学生的身份与相关单位签订的，劳动合同是学生毕业后以劳动者身份离校后与单位签订的。
2.主体不同。三方协议的主体是三方，毕业生、学校、单位。劳动合同的主体为仅二方，劳动者和单位。
3.内容不同。三方协议主要内容是毕业生想到相关单位就业，单位表示接受，学校同意推荐毕业生到该单位就业。劳动合同是劳动者付出劳动，单位支付报酬对于双方的权利和义务。
4. 目的不同。三方协议是制定毕业生就业方案，将来双方签订劳动合同的依据。劳动合同主要建立劳动关系后，是对劳动者和用人单位的权利与义务保障。
5.适用的法律不同。三方协议主要根据《民法》、《合同法》订立等，劳动合同签订主要适用的法律规定是《劳动法》和《劳动合同法》
三方协议的有效期限是从合同日到毕业生到单位的期间。毕业生以学生的身份签订就业合同，以劳动者的身份签订劳动合同。劳动合同签订后，三方协议的效力就消失了。当劳动合同与三方协议的附件内容不一致、有冲突时，应当以以劳动合同为准。