通常保密协议书应包括以下条款：
一是对第三人合同义务条款。此条款主要针对新聘用员工。
企业在聘用新员工时应调查其在进入本企业前是否承担了对原企业的保密义务及竞业禁止义务。如未承担此类义务，应在合同中明确声明或保证，如“乙方保证在甲方工作期间使用任何知识均与前受聘单位无关，乙方承担甲方交付的任何工作或任务，均不会侵犯前受聘单位的商业秘密”。如承担了对前单位的保密义务，则应保证在本企业工作期间不利用前单位的保密信息为本企业服务。
二是义务明示条款。此条款主要是把法定的、默示的保密义务明示为合同义务。员工应保证对在本企业工作期间知悉的本企业的商业秘密承担无条件的保密义务。
三是企业商业秘密范围条款。首先，按照技术信息和经营信息的划分，列举所有属于本企业商业秘密的内容。其次，对该员工所在岗位涉及的技术信息或经营信息作进一步的详细规定。
四是员工义务的具体描述。如：对上述所列商业秘密，不得直接或间接向企业内部无关人员泄露;不得复制、披露包含企业商业秘密的文件及文件副本等。
五是对公知领域的排除。此款主要是给员工以对某些保密信息的秘密性提出不同看法的机会。“如果能证明有关信息没有秘密性，那么该职工可以解除对该信息的保密义务”。
六是职务成果条款。应包括员工在职期间的产生成果应及时报告。对职务成果的实施、转让、归属等明确约定，对于非职务成果应由企业确认。并规定对职务成果的奖励和报酬的额度或比例。
七是离职后保密信息载体的交还。
八是关于补偿。明确由于企业已经支付员工工资、奖金等劳动报酬，上述保密义务作为员工的忠诚义务的重要体现，不以任何额外报酬支付为对价。可以考虑将员工现有工资中的一部分的名目列为“保密津贴”等。并约定员工离职后承担的商业秘密保护义务，不以得到任何额外补偿为条件。
九是违约责任。可根据违约的不同情形约定违约金。
法律没有规定，用人单位必须要与每个员工签订保密协议书，此时单位可以结合实际情况，选择是否签订保密协议书，同时也可以自由决定跟哪些员工签订这样的协议。但保密协议与竞业禁止协议都还有一定不同，其中在竞业禁止协议当中需要约定此时的费用问题。

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