土地出让的主体是代表国家的政府，土地出让的方式是通过招标 拍卖 挂牌 协议等市场竞争行为，然后平等的签订合同，合同内容受土地管理法 房地产管理法等约束。
政府是依法参与市场活动的组织者和受益者，因此其行为是依法行使法律赋予其的民事活动行为，故合同是民事合同而非行政协议；如果因履行出让合同产生的相关问题且由于政府既是合同甲方又是行政管理方则可能产生行政争议问题，政府的双重身份则可能导致民事合同和行政协议的混淆，以致不利于市场主体围护合同权益。
土地出让行为，非具体行政行为， 故土地出让合同非行政合同。

综上，土地使用权出让合同纠纷属于民事合同纠纷范畴，如涉及到政府行为或乙方行为引发出让合同纠纷，则可能引发行政纠纷。是选择民事案由还是行政案由诉讼，要具体分析。