在征地补偿款的分配上要充分发挥民主，但同时也绝不能以简单的“少数服从多数”原则，在征地补偿款分配时损害只占少数的集体经济组织成员的生存权和财产权。因为“保持原有生活水平”原则，其实质体现的是对失地农民基本生存权和财产权的保护，补偿款本身既具有生存利益性质，又具有财产权性质。村民的自治权，即使是大多数村民通过民主程序形成的村民公约，也不能对抗少数村民基本的生存权和财产权。 集体经济组织成员系以集体所有的土地为其生活、生产的经济基础，在土地被征收后则表现为每个成员均有权享有征收补偿款及其利益。因此，土地补偿款的分配与农村集体经济组织的其他利益分配不同，它不应考虑成员对该组织的经济贡献大小，只要具有该组织成员资格，就应当享有均等分配土地补偿费的权利。农村集体经济组织成员的平等权利，不能因为某些形式要件的缺失，如户口登记、集体名册登记，而剥夺其民事权利，尤其是生存发展权利。同时，村民自治应限制在法律允许范围内，绝对不允许以村民自治为名，非法剥夺某些成员的合法利益，人民法院在诉讼案件中应当村民自治决定进行司法审查，维护农村集体成员的合法权益，防止和纠正在民主议定程序中出现多数人决定侵害、剥夺少数人合法权益的现象，正确引导村民自治方向。对于没有违反法律基本原则的村民自治决定，人民法院应予尊重。
所以，村民自治权不能损害少数集体成员的征地补偿款分配资格。