律师解答：不一定，如果只是发证程序违法，但不对其权利产生实际影响的，证也不能撤销。
判决书节选：
   关于发证程序是否合法的问题。原告（川某村民小组）主要认为发证没有按照合法程序审核并公告。东塘网业公司和塘某网业公司申请发证的时间为1995年至1996年间,故应适用国家土地管理局《土地登记规则》的规定。《土地登记规则》第六条规定:“土地登记依照下列程序进行:(一)土地登记申请;(二)地籍调查;(三)权属审核;(四)注册登记;(五)颁发或者更换土地证书。”第十五条规定:“经土地管理部门审核,对认为符合登记要求的宗地予以公告。……”本案存在一个客观问题是,涉案四个国土证登记档案资料档案丢失。诉讼中,被告（吴某市政府）虽然补充了《土地登记申请书》、《国有土地使用权登记卡》、《湛江市吴某县地籍调查审批表》等材料,仍然存在手续不全等问题,被告无法提供公告等有关资料,依法应认定为程序违法,原审法院认为被诉行政行为程序合法欠妥,应予纠正。但从涉案国土证土地来源及县、市、省三级批文情况来看,如果非因卷宗丢失原因,不排除被告在发证时证据充分,故应结合尚存发证档案资料及双方提供证据等综合分析,妥善处理。《行政诉讼法》第五条规定“人民法院审查行政案件,以事实为根据,以法律为准绳。”被告吴某市人民政府作出登记发证行为,是在土地权属清楚的基础上作出,且征地和出让均经过层层审批,涉案四个国土证在吴某市国土局无登记档案资料其主要原因是被检察机关借调卷过程中丢失,属档案管理不规范等客观原因,虽然这与法律上的不可抗力有一定区别,但不能因此断定被告发证时主要证据不足。被告发证程序虽存在瑕疵,但不能据此予以撤销。 
   《行政诉讼法》第七十四条规定:“行政行为有下列情形之一的,人民法院判决确认违法,但不撤销行政行为:(一)行政行为依法应当撤销,但撤销会给国家利益、社会公共利益造成重大损害的;(二)行政行为程序轻微违法,但对原告权利不产生实际影响的。”东塘网业公司、塘尾网业公司取得土地使用权证至原告提起诉讼已时隔十多年,涉案土地上已建设相关房屋并办理了相关房产证,又经多次转让,且已经作为银行贷款抵押物依法办理了抵押登记,若撤销该颁证具体行政行为将引起一系列连锁反应。被告颁发国土证的具体行政行为由于依据不足,程序违法,本应撤销,但由于原告对涉案土地早已丧失所有权,撤销该具体行政行为对原告权利并不产生实际影响。因此,本院认为被诉发证行政行为应依法确认为违法，驳回其要求撤销国有土地使用证的诉讼请求。